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Il primo passo per la creazione del farmaco sarà quella di individuare la sequenza di nucleotidi costituenti il gene regolatore.
Per far ciò ci siamo affidati all’aiuto della bioinformatica attraverso l’utilizzo di banche dati biologiche
Le banche dati biologiche sono in genere piattaforme costituite da un database interno, un collegamento all'esterno, rete internet, una serie di software utili per raggiungere gli obiettivi biologici d'interesse per il ricercatore e degli algoritmi per esplorare e correlare le informazioni. Tali piattaforme bioinformatiche sono nate con la bioinformatica, che ha visto i suoi albori alla fine degli anni ’70-‘80 con il concomitante sviluppo della tecnologia del DNA ricombinante, e quindi la pubblicazione delle prime sequenze di acidi nucleici, sono via via cresciute differenziandosi a seconda delle necessità.
In generale, una banca dati raccoglie informazioni e dati derivanti dalla letteratura e da analisi effettuate in laboratorio e/o attraverso l’applicazione di analisi bioinformatiche. La maggior parte delle banche dati biologiche sono fruibili dalla comunità scientifica in formato flat-file, cioè un file sequenziale nel quale ogni classe di informazioni è riportata su una o più linee consecutive identificate da un codice iniziale.
La nostra scelta è ricaduta sul sistema di Entrez.
Entrez è un sistema, accessibile via web, nato per cercare ed estrarre dei dati di natura biologica. E’ in grado di ricercare la stessa informazione in più banche e di far navigare l’utente all’interno delle stesse.
Il gene codificante per il repressore dell’idrogenasi comprende una sequenza lunga 1114 basi azotate.
Una volta individuato il gene d’interesse si procede alla digestione del DNA di Helicobacter pylori con l’enzima di restrizione specifico.
Al fine di dare la possibilità all’enzima di restrizione di lavorare in un ambiente non denaturante bisognerà preparare una soluzione tampone composta da:
- acqua;
- DNA di Helicobacter pylori;
- tampone;
- BSA;
- enzima di restrizione.
Successivamente la soluzione andrà posta in un bagno termico a 37°C per un’ora. A questa temperatura, con le condizioni saline e di pH ricreate dalla soluzione tampone, l’enzima di restrizione digerisce il DNA.
Infine il DNA digerito andrà fatto correre, grazie alla carica negativa degli acidi nucleici, nell’apparecchio elettroforetico e con l’aiuto dello standard di riferimento, e dei raggi UV, si potranno isolare le porzione di gel contenente il gene d’interesse.
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